Bezbarwny cyrkon jest bardzo podobny do diamentu. Ale odmiana bezbarwna nie jest jedyną odmianą cyrkonu, są także odmiany barwne. To właśnie cyrkony barwy niebieskiej są najbardziej cenione, przed pojawieniem się takich kamieni rodem z Syjamu zainteresowanie bezbarwnymi cyrkonami było niewielkie.

Cyrkon jest wyspowym krzemieniem cyrkonu o wzorze Zr[SiO₄]. Prawie zawsze zawiera domieszki żelaza, czasami także wapnia i glinu. Stałym pierwiastkiem występującym w cyrkonie jest hafn, często obecny jest P2O5. Niekiedy występują domieszki pierwiastków rzadkich, takich jak cer, niob, tantal, tor lub uran. Rozpad promieniotwórczy cząstek toru i uranu powoduje wskutek bombardowania cząstkami [alfa] stopniową destrukcję struktury krystalicznej cyrkonu i zmienia jego właściwości fizyczne. Domieszki promieniotwórczych pierwiastków w cyrkonach stanowią główne źródło promieniowania wśród skał. 

Cyrkon krystalizuje w układzie tetragonalnym. Najczęściej tworzy kryształy słupkowe, zakończone ścianami podwójnych piramid tetragonalnych. Niekiedy zdarzają się bliźniaki tetragonalne. Sieć krystaliczna cyrkonu stanowi przykład struktury krzemianów wyspowych. Naroża komórki sieciowej i jej środek są obsadzone przez jony cyrkonu Zr₄₊.Każdy jon krzemu jest otoczony czterema atomami tlenu, czworościany krzemo – tlenowe nie stykają się narożami, lecz tworzą oddzielne wyspy.